La DIREN Guadeloupe assure la coordination générale de l'ensemble des données et connaissances de la réserve. Cet établissement public représentatif de l'état participe financièrement au fonctionnement de la réserve.Elle pilote également avec l'ONCFS le plan de restauration des tortues marines aux Antilles Française, le plan de restauration de l'Iguane des Petites Antilles, le suivi du milieu marin dans lesquels la réserve de Petite Terre est impliquée.
Contact : Franck Mazéas - AMP IFRECOR espèces protégées 0590 41 04 56 Louis Redaud - Protection et gestion des espèces et espaces naturels 0590 41 04 60
Site Internet : www.guadeloupe.ecologie.gouv.fr ou sur www.ifrecor.org
Afin de préserver la grande richesse des îlets, le Conservatoire du Littoral, établissement Public Administratif dont la mission est de mener une politique foncière de sauvegarde de l'espace littoral, du respect des sites naturels et des équilibres écologiques public a acquis les terrains de Petite Terre après une procédure d'expropriation en novembre 1994. Cette acquisition foncière a fortement contribué à la protection des îlets et au classement en réserve naturelle du site en 1998.
Aujourd'hui propriétaire de la partie centrale des deux îlets de Petite Terre, le conservatoire du Littoral participe à la gestion du site à travers le reversement de la taxe passagers à l'association Ti Tè. Cette participation contribue à hauteur de 10% aux financements du fonctionnement de la réserve.
Site Internet : www.conservatoire-du-littoral.fr
La Région Guadeloupe est elle aussi un partenaire financier principal dans la gestion et le fonctionnement de la réserve. Site Internet : www.cr-guadeloupe.fr